В Устюртском государственном природном заповеднике обитает 795 видов беспозвоночных. Среди бабочек, занесённых в Красную книгу Республики Казахстан, на территории заповедника встречается одна-пламенная бабочка Microzergis pyrothoe.
В настоящее время выявленные представители наземных беспозвоночных относятся к 3 отрядам (насекомые, паукообразные, ракообразные), 11 отрядам, 84 семействам и 795 видам.
