В Устюртском государственном природном заповеднике встречается 403 вида высших растений, состоящих из 220 родственников 51 рода. В заповеднике 5 видов редких растений, занесенных в Красную книгу РК. Это: марена меловая, мягкоплотник крипмолистная, молочай твердобокальчатый, катран беззубий, солянка хивинская.
