В Устюртском государственном природном заповеднике зарегистрировано 403 вида высших растений, относящихся к 220 родам и 51 семейству.
В заповеднике произрастают 5 видов редких растений, занесённых в Красную книгу Республики Казахстан. Это: ряян меловой, мякоть обыкновенная, тигринец твёрдый, катыран малый и соран хиуа.
